Breaking（v2）：旧只读入口
ask-research-os已删除，没有双轨期。不确定从哪开始时，用/research-os的 route-only（例如/research-os 我该从哪开始）。它只给推荐，不启动任务、不联网、不写文件。
Research OS Studio is an Agent Skills suite designed for research workflows. It integrates into your research workspace, breaking work into clear stages: idea discovery, experimental validation, and paper writing. The AI assists within explicit authorization boundaries, keeping key judgments and final decisions with the researcher.
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Research OS Studio 将科研过程拆解为边界明确的工作流。AI 在单次授权范围内生成候选方案、代码与草稿，实验设计、结果验收与推进决策由你把控。
- 纯 Agent Skills：无需安装独立 CLI、Python 包或后台服务，安装即用。
- 三类科研能力地图（不是固定阶段顺序）：
- Idea Cycle（构思与查新）：文献检索、多视角构思、新颖性核查、独立评审与方案收敛。
- Validation Cycle（实验与理论验证）：实证路径管理实验计划、执行监控、统计分析与审计；理论路径负责推导记录、证明起草、审查与修复。
- Writing Cycle（论文写作与打磨）：正文起草、学术绘图、LaTeX 编译检查、引用与结论一致性审计、审稿回复及转投适配。
- 研究委托与硬门：一次入口请求形成有界委托（研究目标、授权范围与额度、完成条件）；入口可据此组合和重排能力，不因普通阶段转换、输出路径或每轮修复重复请求批准。用户要求只读时保持只读；替换主要目标须等目标所有者确认，超出授权或额度、对外发送、破坏性操作及具体能力声明的硬门仍须停下并只阻塞相关工作。缺少 setup 或明确预算时可以有界开始，不把缺失预算当作资源授权。只有宿主确实提供子代理能力时才派发；不支持时只做当前环境可完成的部分，并如实报告未执行的委托工作。
- 原生文件格式：成果直接以 Markdown、LaTeX、脚本和数据文件交付。
在科研项目根目录下执行：
# 查看所有可用技能
npx skills@latest add toRolex/Research-OS-Studio --list
# 安装全部技能到当前项目
npx skills@latest add toRolex/Research-OS-Studio --all
# 仅用 Research OS Discovery 时，同时安装入口和五项 Required 能力
npx skills@latest add toRolex/Research-OS-Studio --skill research-os research-lit idea-generation novelty-check idea-review idea-refinement --agent codex --copy -y安装后可运行初始化命令；它不是开始研究的前置条件。缺少 setup 或明确预算时，/research-os 仍可在当前能力与授权允许范围内有界开始，不擅自消耗未授权资源。以下 /name 示例是逻辑点名；pi 原生命令为 /skill:name（setup：/skill:setup-research-os；入口：/skill:research-os 我该从哪开始），Claude Code 用 /name，Codex 用 $name 或明确点名已安装技能。pi 的普通 /name 文本不保证加载隐藏的显式 Skill：
/setup-research-os该命令会检查现有目录结构并提供配置建议。所有改动在写入前都会展示完整草稿供你确认，不会覆盖已有研究资料，也不会擅自安装系统环境。
如果你不确定从哪里切入，直接问统一入口，并说明只要推荐：
/research-os 我该从哪开始这进入 route-only：按研究方向或已有材料给推荐，不修改文件、不联网，也不自动执行推荐任务。旧入口 ask-research-os 已删除。目标明确时，可直接点名底层技能，或让 /research-os 按研究委托组合能力。委托给出目标、授权范围、可用资源额度与完成条件；普通能力/阶段转换不逐次停下请批。没有 setup 或明确预算时可先做有界且不越权的工作；需要消耗运行资源的步骤只在有效额度内执行，缺少或超出额度时停在该分支。一次文献综合可直接按委托交付并验收实际产物。experiment-bridge 是 /research-os 的需求配方名，不是兼容 Skill；实验执行唯一进入 run-experiment，分析与审计仍由独立能力承担。运行资源须有研究日志里的本批授权；setup 中的默认政策不是运行许可。外发、破坏性操作、越权或超额度，以及能力定义的硬门，仍须在相应副作用前停止。
已有上一轮证明、改进日志或研究作业记录时，不要从零重跑：
/research-osproof：续接固定命题，新目录只做本轮 obligation。/research-osimprovement：在确认的轮数和写入范围内做 review → repair → re-review。/research-ospickup：新会话重读交接、算力政策和研究日志。已过期的授权保持过期。
以下是按常见目标组织的参考配方，不是必须依次通过的阶段或固定流水线。统一入口依照研究委托在能力间组合、重排与回访；完成条件满足后再收束。
输入研究方向
↓
/research-os 我有方向，没有 idea
↓
research-os Discovery 配方
按目标缺口选择必要能力，可局部开始、重排与回访
├─ 文献范围不足：research-lit
├─ 候选不足：idea-generation（必要时 creative-thinking）
├─ prior work 未核：novelty-check
├─ 需独立挑战：idea-review
└─ 需收敛或 Proposal：idea-refinement
↓
按本次目标交付局部报告和/或 Proposal 后停止
全链 Discovery 是适用时的参考配方，不是每次必经阶段。已有成果可满足或省略对应职责；新增证据可触发重排与回访。目标替换、越权、超额或既有文件冲突只阻塞对应分支。
固定研究假设或待证命题
↓
实证路线 理论路线
/experiment-plan formula-derivation（公式推导）
↓ ↓
/run-experiment proof-writer（起草证明）
├─ 代码试跑与资源监控 ↓
├─ 训练异常诊断与干预建议 proof-review（逻辑与反例审查）
└─ 独立审计代码与结果真实性 ↓
↓ /proof-repair（有界修复）
/result-to-claim（提取约束结论） ↓
↓ /research-os proof 配方（按需使用 proof-review 方法资源）
交付实验审计与 Claim 报告（停止） 交付完整证明记录（停止）
理论分支由证据决定具体活动，可在推导、证明构造、fresh 只读审查、finding 修复和形式化之间切换；这些不是每次必经的固定阶段，长期任务的轮次与额度只由 /research-os 委托管理。
输入实验数据或理论成果
↓
/research-os 将写作请求统一路由到 paper-writing
├─ 通用写作：general
├─ ML：按需读取 ML/AI 专业标准
└─ Systems：按需读取 Systems 专业标准
↓
按委托范围规划、绘图、起草、真实编译
并列审查：paper-claim-audit、citation-audit、claim-stress-test
证明稿件才读 proof-review
↓
交付候选稿与审查报告
投稿、上传不在写作路线
委托内已授权的编译与引用修复继承该授权
↓
投后管理与衍生（/research-os 编排；叶入口仍可点名）
├─ 审稿回复：/research-os 回复审稿 → rebuttal
├─ 转投适配：/research-os 转投 → resubmit
└─ 学术演讲：/research-os 做会议演讲 → paper-talk
↓
交付候选回复、新目录投稿材料或 slides/notes/script
有效委托内按裁决规则继续；目标替换、越权及外发等真实边界仍停
本仓库提供可独立使用的技能，按触发机制分为两类：
- 除 setup 外全部显式调用：用户直接点名，或父流程按路径级联读取全文。模型不因描述自动触发。
setup-research-os：唯一允许模型主动建议的例外。它是可选初始化；被建议本身不是写入授权，写入前仍确认草稿及其中的角色映射。
| 分类 | 技能名称 | 调用方式 | 说明 |
|---|---|---|---|
| General | setup-research-os | 可建议 | 可选的项目初始化：确认本 session 可用模型的角色映射、零授权默认政策与工作区种子；建议本身不是写入授权，也不是开始研究的前置条件 |
| research-os | 显式 | 统一编排入口：一次调用是一份研究委托（目标/权限/额度/完成条件见 references/mandate.md）；只读走 route-only；仅在宿主具备真实子代理能力时委托。数学研究已迁入 proof 路线，旧长期证明控制器已删除；分支所需独立安装的 slug 与依赖见 proof 配方，独立只读审查边界见迁移说明 |
|
| swarm | 显式 | 并行覆盖：分片、竞赛或混合探索，派发宿主真实子代理并汇总；独立 brief、输出隔离、缺证据有界重派，缺口不算通过（改编自 pstack swarm，MIT，见其 LICENSE） | |
| interrogate | 显式 | 对抗审查：独立 reviewer 逐模型挑战研究材料或变更，findings 去重、分歧保留，主审四桶有据判断；始终只读，修复由委托按授权另行组织 | |
| Organization | arena | 显式 | 候选比较与整合：同一任务并行独立候选，预先 rubric、交叉评判、主编排者逐项选基座并手工整合，数学整合后重查假设/记号/依赖闭合；胜出不等于原命题成立；已迁移到研究委托合同，缺子代理时标 blocked |
| Idea Cycle | research-os Discovery 配方 | 通过 /research-os 路由 |
用户可直接给研究方向并要求完整 Proposal；按缺口选择、重排或回访五项 Required 能力，保留 fresh 独立评审 |
| research-lit | 显式 | 文献检索与综合，标注出处与核实状态；已迁移到研究委托合同，不再有叶级审批门 | |
| idea-generation | 显式 | 多视角生成研究候选方案，记录筛选理由 | |
| creative-thinking-for-research | 显式 | 构思瓶颈时的认知转换与正交发散 | |
| novelty-check | 显式 | 检索已知工作，核对方案新颖性 | |
| idea-review | 显式 | 独立评审视角，指出方案弱点与潜在问题 | |
| idea-refinement | 显式 | 细化研究方案，输出最小可行路线与拓展路线 | |
| Validation | experiment-plan | 显式 | 制定包含假设、基线、指标与预算的实验计划 |
| run-experiment | 显式 | 统一实验执行控制；记录输入版本、工具链、目录、作业身份、退出码、日志与产物 | |
| experiment-queue | 显式 | 管理批量实验队列与资源分配 | |
| monitor-experiment | 显式 | 监控运行进程与状态，不做额外推论 | |
| training-health-check | 显式 | 诊断 NaN、显存溢出、loss 停滞等训练异常 | |
| analyze-results | 显式 | 统计分析实验结果与不确定性 | |
| experiment-audit | 显式 | 独立审计代码、评估逻辑与结果真实性 | |
| result-to-claim | 显式 | 根据实验证据收敛并提取科学结论 | |
| formula-derivation | 显式 | 推导数学公式，记录假设、步骤与误差界限 | |
| proof-writer | 显式 | 起草数学证明，保留未完成的尝试与断点 | |
| proof-review | 显式 | 只读审查证明逻辑与边界反例，不修改文件 | |
| proof-repair | 显式 | 在授权范围内有针对性地修复证明断点 | |
| create-formal-verification-skill | 显式 | 为项目建立可重跑的形式化检查；按问题选工具，记录假设/版本/同步并审计编码与原问题对应 | |
| maintain-formal-verification-skill | 显式 | 代码变化后把形式化检查重新对齐；重跑并区分验证漂移与代码 bug | |
| create-verification-skill | 显式 | 为项目建立可运行的行为验证 Skill：启动、doctor、按用户路径驱动、证据与清理，播种特征覆盖映射；未执行的生成资产标草稿 | |
| maintain-verification-skill | 显式 | 随应用变化维护行为验证 Skill：按特征源读与真实驱动，区分文档漂移与产品缺陷，交付已证明修正 | |
| Writing Cycle | paper-writing | 显式 | 统一写作入口：general／ML／Systems 标准；委托内编译与引用修复继承授权，不自动投稿 |
| paper-plan | 显式 | 规划论文大纲与 Claim-Evidence 证据对应矩阵 | |
| paper-drafting | 显式 | 依据实验数据与推导记录起草论文正文 | |
| academic-plotting | 显式 | 绘制学术图表并保留可复现绘图脚本 | |
| paper-compile | 显式 | 调用本地 LaTeX 环境执行编译检查并报告警告 | |
| paper-compile-repair | 显式 | 精确 diff 修复 LaTeX 编译错误；委托内继承授权，不要求再次独立点名 | |
| citation-audit | 显式 | 检查引用的准确性与上下文匹配度 | |
| apply-citation-fixes | 显式 | 通过精确 diff 修复 BibTeX 条目或正文引用标记；委托已授权时继承范围 | |
| paper-claim-audit | 显式 | 校验正文数字、图表与原始实验数据的一致性 | |
| claim-stress-test | 显式 | 模拟同行评审视角，针对论点薄弱处提出质疑 | |
| research-improvement | 显式 | 对代码、论点或草稿进行有限轮次的评审与修改 | |
| rebuttal | 显式 | 审稿回复叶入口；/research-os 的 rebuttal 路线按路径级联，不自动投稿或外发 |
|
| resubmit-pipeline | 显式 | 转投叶入口；resubmit 路线在新目录适配并保留旧稿，不自动投稿 | |
| paper-talk | 显式 | 演讲叶入口；paper-talk 路线产出 slides、notes、script，不自动发布 |
- 不修改系统环境：不会擅自配置 Python、Lean、LaTeX、CUDA 驱动或云端凭证。依赖工具缺失时会明确提示。
- 显式路线与副作用门：用户显式调用才进入路线；授权内可逆步骤直接执行并事后呈现。越权、超额、破坏性与对外动作仍在执行前停下；叶 skill 只保留其真实副作用与独立调用边界。当前委托已授权的内部修复不要求再次点名。
- 操作预先确认：消耗大量算力、重写文件或调用付费 API 之前，会先声明范围并征求同意。
Q: 安装后会修改我现有的项目文件吗？
A: 不会。setup-research-os 初始化时会先扫描目录并展示拟修改内容，只有在你确认后才会写入。
Q: 支持哪些 AI 客户端？
A: 支持遵循标准 Skills 机制的客户端，包括 Claude Code、Codex、Cursor、Gemini CLI、Kimi CLI、Pi 等。
- 用户验收指南：测试用例与边界核验方法
- 产品地图与状态表：技能定义与触发边界
- Skills 目录总览：目录结构与兼容性说明
- 上游来源与许可证说明：移植与借鉴项目的许可证声明
本项目采用 MIT 许可证。各技能中引用的第三方来源说明见 上游来源与许可证说明。