Bioskills

这是一个面向生物信息学分析的智能 Skill 库，目标是把可复用的分析流程、脚本和 AI SOP (SKILL.md) 组织成清晰的技能模块，让 AI 助手能够更稳定地完成生信任务。

已集成 Skills

1. Enrichment

• 目录: Enrichment
• 说明书: SKILL.md
• 核心功能:
  • 支持 ORA 和 GSEA 双模式。
  • 自动识别并转换基因 ID（Symbol、Ensembl、Entrez）。
  • 多物种支持（Human、Mouse、Pig、Rat、Cattle 等）。
  • 生成散点图、山脊图、Barcode 图等常见富集可视化结果。

2. BioFinder

• 目录: BioFinder
• 说明书: SKILL.md
• 核心功能:
  • GEO-first 的公开组学数据发现与评估 workflow。
  • 支持候选检索、accession 级 evidence extraction、LLM judgment。
  • v2 已加入早期 SRA 与 BioProject provider，用于 raw sequencing context 和项目级上下文补充。
  • 提供 references/ 中的查询扩展、澄清策略、评分参考和 judgment prompt。

如何使用

1. 每个 Skill 目录下都有一个 SKILL.md，这是给 AI 助手的运行说明书。
2. scripts/ 提供稳定脚本能力，references/ 提供按需读取的规则和参考材料。
3. 与 AI 协作时，优先让助手读取对应 Skill 的 SKILL.md，再按需要调用脚本和参考文件。

作者

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