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BioAI 日知公开 MCP

BioAI 日知提供匿名、只读的远程 MCP，供个人 AI 查询本站已收录的研究与产业原文、公司目录和来源覆盖情况。网页、RSS 与 MCP 使用同一公开读取模型：已验证来源的原文记录，与经过编辑审核并附有有效证据的事件保持区分。

公开服务已上线：BioAI 日知。2026-10-08 短域名与 3.1.0 服务已通过真实公网 initialize、tools/list 和全部五项只读工具调用，并确认默认学术结果满足精选政策，见 短域名验收；官方 MCP SDK 客户端也已完成两种协商模式的连接、工具发现和全部五项工具调用，见 SDK 客户端验收。个人 Codex 已安装名为 bioai 的全局连接配置；当前会话需在后续新会话加载。Claude/Cursor 配置示例已提供，未擅自修改其他个人应用，当前部署与待观察项目见 报纸版验收。官方 Registry 的 io.github.MInsYang/bioai-rizhi / 3.1.0 条目已发布并回读 active，见 Registry 记录。

接入地址与工具

  • 传输：Streamable HTTP。
  • 地址：https://bioai-rizhi.pages.dev/mcp，路径末尾没有斜杠。
  • 认证：公开读取不要求登录或 API Key。
  • 接入文档与内容入口使用普通 HTTPS 地址；MCP URL 供客户端连接，并非文章网页。
工具 用途 常用参数
search_resources 检索来源记录，包括研究摘要与产业原文 query、topic、academic、company、journal_tier、days、limit、offset
get_resource 读取一条来源记录或已发布事件及其出处 id；kind=record 或 kind=event
search_companies 检索公司目录 query、topic、track、region_group、history、limit、offset
get_company 读取公司资料、别名验证状态、公开来源与已发布事件 slug
get_source_status 查看公开来源的验证/采集状态和专题定义 query、company、limit、offset

专题 ID 为 virtual-cell、organoid、virtual-embryo、virtual-organ、drug-discovery。get_source_status 返回来自 /api/topics 的当前名称与说明。分类中的 classification.method=automated_keyword_v1 表示自动关键词导航分类；它不意味着编辑审核或完整学术领域覆盖。保留 model_form、biological_model、ai_related 和 query_version，区分实体模型与计算模型，并标明分类版本。

search_resources 的 academic 可选 all、academic、industry，默认 all；days 默认 30，days=0 检索全部已存日期。journal_tier 默认 selected：学术资料需在 17 期刊名单且有 AI 主题相关性；显式 all 才检索更宽的历史资料和预印本。get_source_status 也返回当前期刊政策。站点公开 API 默认返回主题范围内的资源。查询是存量关键词检索，不承诺语义检索或实时搜索整个互联网。

公司地区分类：cn 为中国大陆，hk 为中国香港，global 为海外，cross 为跨地区登记。公司属于目录元数据；official_website 字段与来源所有权验证状态分别保留，不能把目录收录当成来源验证证书。

配置个人 AI

Codex

在终端执行：

codex mcp add bioai --url https://bioai-rizhi.pages.dev/mcp
codex mcp list

也可以在 Codex 的 ~/.codex/config.toml 中配置：

[mcp_servers.bioai]
url = "https://bioai-rizhi.pages.dev/mcp"

Codex 支持 Streamable HTTP URL；公开服务不需要运行 OAuth 登录。CLI 和 IDE 扩展共用配置。可在 IDE 的 MCP servers 设置中添加 URL。这些方法依据 OpenAI Docs MCP 文档 和 Codex MCP 配置文档。

Claude Code

claude mcp add --transport http bioai --scope user https://bioai-rizhi.pages.dev/mcp
claude mcp get bioai

--scope user 使这项个人工具可在多个项目中使用。Claude Code 的 JSON 配置需要显式 type: "http"；不应直接把只含 url 的 Cursor 配置当作 Claude Code 的 stdio 配置。见 Claude Code 官方 MCP 文档。

Claude 网页和桌面版的远程连接器

进入 Claude 的 Customize → Connectors，添加 Custom → Web 连接器，填入 MCP 地址；本服务选择 No sign in。Team/Enterprise 的组织设置可能需要管理员先添加连接器。

远程连接来自 Anthropic 云端，服务必须在公网可达；用户电脑能访问本地地址并不意味着该连接器能访问它。这与 Claude Desktop 本地 stdio 配置是两个入口。见 Claude 官方远程 MCP 连接器说明。

Cursor

把下面配置加入个人 ~/.cursor/mcp.json 或项目 .cursor/mcp.json，保存后按客户端提示重新加载：

{
  "mcpServers": {
    "bioai": {
      "url": "https://bioai-rizhi.pages.dev/mcp"
    }
  }
}

Cursor 的项目配置与个人配置会合并；同名项由项目配置优先。传输从 URL 配置推断。见 Cursor 官方 MCP 配置文档。

ChatGPT 的接入范围

本地 Codex 配置不会自动给 ChatGPT 网页安装工具。ChatGPT Work 使用已安装插件提供的连接器与远程工具；组织策略也可能控制可用工具。见 OpenAI 官方 MCP 使用说明。

当前工具名针对普通 MCP 客户端；没有实现 ChatGPT company knowledge / 特定检索集成所要求的标准 search(query) 与 fetch(id) 组合。因此不宣称已经适配该专用检索入口。需要这条渠道时，应再增加符合规定输入输出形状的适配层，而不是仅重命名工具。规范见 OpenAI MCP 检索集成文档。

可以直接提问

  • “查询最近 30 天 AI 虚拟细胞的论文与原文。保留 DOI、是否预印本、原文链接，并说明本站覆盖限制。”
  • “按类器官专题找公司，区分实体类器官平台与 AI 模型；只把有明确资料的公司列出来。”
  • “检索 AI 虚拟胚胎与虚拟器官研究，指出自动分类和原始来源分别提供了什么证据。”
  • “查询 AI 药物发现公司近况；目录资料、来源原文和已核验事件分别说明。”
  • “先查看来源采集状态，再解释这一周没有新结果意味着什么。”

例如主题检索参数为：

{
  "topic": "virtual-cell",
  "academic": "academic",
  "days": 30,
  "limit": 20
}

search_resources 返回 {total, items, limit, offset, coverage_note}，每项保留 id、url、site_url、发表/收录时间、来源名称、专题、学术状态和分类方法。get_resource 的原文最多 6000 个 JavaScript 字符，并提供 content_truncated 和 content_char_count；读取原文完整版应使用原始来源 URL。

PubMed indexed 表示收录状态，不能替换为“已通过同行评议”。bioRxiv 的 preprint 与版本保留。原文数量不等于已核验新闻数量；空结果只描述本站当前收录情况。

来源状态中的 verified 表示来源确认，enabled 表示采集许可，cloud_runtime_enabled 表示云端采集是否启用；缺少字段时返回 null，不能当作 false 或零。adapter、last_success_at、next_poll_at、consecutive_failures 和 ttl_hours 用于解释覆盖与新鲜度。最新一次成功采集时间不能证明每条原文刚刚更新。

服务边界与运维

MCP 代码位于 mcp.js，由父 Worker 的 /mcp 路由调用：

return handleMcp(request, env, ctx, (path, params) => apiRead(path, params, sql));

回调只读取 /api/records、/api/records/{uuid}、/api/events/{uuid}、/api/companies、/api/companies/{slug}、/api/sources 和 /api/topics。不传入后台、内部派发、任意 SQL 或任意 URL 获取能力。数据库公开视图负责发布门槛，MCP 再按白名单投影返回字段，排除配置、令牌、原始 payload 和内部错误信息。

配置或限制 当前实现
SITE_ORIGIN https://bioai-rizhi.pages.dev，不含末尾 /
MCP_ALLOWED_ORIGINS 可选的逗号分隔浏览器 origin 白名单；默认只允许站点本身
MCP_RATE_LIMITER 可选 Cloudflare Rate Limiting binding；超限返回 429 与重试时间
原生/云端客户端 不带 Origin 的请求允许；不要求额外登录
请求体 UTF-8、单个 JSON-RPC 对象，最大 64 KiB；拒绝批量数组
查询 最多 200 字符；每页最多 40 项；offset 最大 10000
读取等待 10 秒；数据库/Neon 查询还需独立设置实际查询与网络超时
返回值 结构化内容和 JSON 文本；单份结果最大 256 KiB
缓存 MCP 返回 Cache-Control: no-store，来源撤销须继续由公开模型即时生效

允许匿名访问的是已公开的信息。工具声明只读、幂等、非破坏性；因为查询被限制在本站存量集合且不接受任意外部 URL，openWorldHint 为 false。工具调用不触发来源发现、采集、发布、后台改动或向他人发送信息。

实现使用 [email protected]、@modelcontextprotocol/[email protected]、[email protected]。2026-10-08 从 npm 核对，Agents 这一版本对 MCP v2 server/client 声明 2.0.0 的精确 peer 依赖；虽然 server 的 latest 为 2.3.1，本次采用满足声明的版本组合，不使用强制 peer 覆盖。锁定版本由站点 package-lock.json 保存。

Cloudflare 当前推荐 createMcpHandler 的每请求服务器工厂，接受 2026-07-28 以及兼容的 2025 无状态请求；McpAgent 是旧服务迁移路径。本实现使用 legacy: "stateless" 和 responseMode: "auto"，没有持久协议 session，也没有 GET 订阅流。Worker 开启 nodejs_compat，供该 handler 的 node:async_hooks 使用。见 Cloudflare handler API。

2026-07-28 请求把协议与能力放在 _meta 中，不依赖 initialize；其 HTTP 协议、方法和工具名 header 必须与正文一致。较旧客户端可以继续使用 initialize。协议校验交给官方 SDK，测试覆盖两个版本范围。协议原文见 MCP Streamable HTTP。

验证

# 从仓库根目录执行
cd cloudflare/site
node --test mcp.test.mjs

测试使用真实已安装 SDK 与伪造的公开读取回调，检查初始化、发现、工具调用、2026 header 校验、非法工具/参数、Origin/Host、大小限制、文本截断、预印本/分类来源、错误与内部字段隔离。它验证协议和边界，不替代生产数据库、来源实际采集或客户端界面验收。

MCP 静态工具 Schema 缓存优化已部署。3.2.0 站点 137 项 Worker 检查与 17 项统计界面检查通过、无跳过；以下 CPU 为此前初次上线样本，未将其冒充本轮重新测量值。公开数据响应使用表列 no-store。优化后 initialize、tools/list、search_resources、get_source_status 四次公网调用均 HTTP 200、outcome=ok，CPU 为 22/15/21/26 ms，仍高于 Workers Free 的名义 HTTP 10 ms。长期免费容量尚未验收，仍需观察和按授权选择运行计划；本次未执行付费升级。详情见 Cloudflare 部署说明。

官方 @modelcontextprotocol/[email protected] 已用 versionNegotiation: {mode: "legacy"} 和 {mode: "auto"} 分别真实公网 connect/listTools，两种模式均发现并调用全部五项工具通过。结果、版本与时间记录在 mcp-client-acceptance.json。

个人 Codex 已安装名为 bioai 的全局连接配置；当前会话需在后续新会话加载。Claude/Cursor 配置示例已提供，未擅自修改其他个人应用；后续需用 MCP Inspector 和实际个人应用分别保存工具发现与读取记录。地址可以打开、代码 dry-run 成功或配置写入成功，都不足以单独证明个人应用已调用数据。

分享与订阅

可分享的内容地址分别为 /records/{id}、/events/{id}、/companies/{slug}、/topics/{id}，避免只分享弹窗状态。url 指向原始出处，site_url 指向本站上下文，两者同时保留。

来源资源 RSS 位于 /feed.xml，专题订阅可用 /feed.xml?topic=virtual-cell 等五个已知专题 ID。日摘要页面为 /digest/YYYY-MM-DD，对应结构化数据为 /api/digest?date=YYYY-MM-DD。它们沿用网站的公开读取门槛；原文资源与已核验事件仍分别表述。

正式版本每小时第 7 分钟派发、北京时间 08:00 日报。2026-10-08 09:07 UTC 原生 Cron 派发 14 个来源，14 个全部完成，Crossref 首次完整窗口于 10:06 UTC 完成；最新计数见 本轮验收。每日专用 tick 与后续自动备份仍需跨日观察，手动验证不能替代。

Tahoe 旧 RSS 在云端持续失败且旧入口已失效，已停止该源云端调度，保留历史真实内容。来源 TTL、失败退避与主题筛选会影响收录时间；查询存量数据不触发采集，页面每 5 分钟检查可见更新。运行证据以实际任务与成功时间为准。推广入口与衡量方法见 promotion-strategy.md。

3.2.0 使用统计

管理员统计看板记录已注册工具的真实执行次数、成功/错误与耗时，按 1/7/30 天查看。初始化、工具发现和执行前参数拒绝不计为工具使用；测试调用单独排除。不会保存 MCP 提示词、工具参数、请求正文或 IP。此处的调用次数不等于使用人数，完整口径见 analytics.md。